Естония ще поеме председателството на Съвета на ЕС от 1ви юли 2017 г. Основен приоритет ще бъде прогресът във връзка с дискусията за Общата селскостопанска политика на ЕС след 2020 г. Ротационното председателство ще се фокусира също върху мерките за развитие на земеделските пазари и за реакции в случаи на кризи. Ще се обърне внимание на качеството на почвите, като ще се организира конференция на високо ниво, озаглавена „Почва за производство на храни и екосистемни услуги“. Ще бъдат обсъдени теми свързани с регламента за наторяването и регламента за фуражите с медикаменти.
Страната ще се съсредоточи върху темите иновации, свободно дигитално движение и устойчиво развитие на европейската икономика.