Контролната експертиза се извършва след писмено заявление на заинтересованото лице до ръководителя на компетентния орган на централно ниво чрез ръководителя на компетентния орган на съответната областна структура, на чиято територия е взета пробата. Ръководителят на компетентния орган на централно ниво разрешава извършването на контролна експертиза в национална референтна лаборатория или в друга национална референтна лаборатория в Европейския съюз, или в друга акредитирана лаборатория, различна от лабораторията, извършила първоначалното изследване. Всички разходи за извършването на контролна експертиза, включително транспорт, опаковане, съхранение, анализ и др., е за сметка на лицето, подало заявлението. Резултатите от контролната експертиза са окончателни и не подлежат на оспорване.
Арбитражните проби от пчели или растителност за целите на контролна експертиза се съхраняват в лабораторията, в която са изпратени пробите. След получаване на проба във възможно най-кратки срокове лабораторията изготвя от нея аналитичната проба и отделя необходимия брой аналитични части, в зависимост от използвания метод за анализ, включително и за контролна експертиза.
След извършване на проверката комисията съставя констативен протокол съгласно приложение № 2, в който се потвърждава или отхвърля съмнението за отравяне, придружено с мотиви. При съмнение за отравяне се отразяват обстоятелствата, при които е настъпило събитието. В протоколът се определят и записват видът и размерът на причинените щети на пчелните семейства от отравянето, като при невърнали се летящи пчели силата на пчелните семейства се определя по броя на рамките с пило и броя на медовите пити, заети с нектар и мед.
В срок до 5 дни след получаване на резултатите от анализите комисията изготвя окончателното заключение съгласно приложение № 3 за причините за подмор/наличие за отравяне на пчелите и установяване на нарушителя и връчва екземпляр от него на собственика/собствениците на пчелното стопанство, по чиято жалба се свиква комисията.