Въпреки, че ефектът от глифозата върху почвата не е напълно проучен, има все повече доказателства за възникване на проблеми, вследствие употребата му, сочи анализ на Центъра за оценка на риска по хранителната верига (ЦОРХВ). Установено е, че глифозатът уврежда екологията на гъбите от микоризата, които осигуряват притока на въглерод към почвата. Земните червеи, които са толкова важни за осигуряването на здрава почва, също са изложени на риск от експозиция на глифозат. Проучено е, че дейността на земните червеи в почвената повърхност почти изчезва три седмици след прилагане на глифозат, а след три месеца репродукцията им намалява наполовина, казват още от ЦОРХВ. Други потенциални негативни ефекти от глифозат върху почвеното здраве включват увеличаване на патогенните микроорганизми в нея, нарушения в дишането на почво-обитаващите полезни организми и недостатъчно придвижване на хранителни вещества за растенията и микроорганизмите. Науката счита, че рутинната употреба на глифозат дава резултат в развитието на резистентност при плевелите и всъщност първоначалната полза, която се очаква, в продължителен период не е оправдана.
