В структурата на агенцията влиза кадър от ОДБХ – Пловдив
Със заповед на министър-председателя Гълъб Донев на длъжността заместник изпълнителен директор на Българската агенция по безопасност на храните (БАБХ) е назначен д-р Иван Шиков. Към този момент д-р Шиков е бил директор на Областната дирекция по безопасност на храните – Пловдив. Той има богат опит в сферата на лечебната и профилактична дейност по опазване здравето на животните. По образование д-р Шиков е магистър по ветеринарна медицина.
В момента в структурата на БАБХ има двама действащи заместник-изпълнителни директори – д-р Галя Викьова и проф. Оля Караджова.
Д-р Галя Викьова е с ресори дирекция „Контрол на храните“ при ЦУ на БАБХ; дирекция “Лабораторен контрол”; Национален диагностичен научноизследователски ветеринарномедицински институт при БАБХ по отношение на храните; Централна лаборатория за химични изпитвания и контрол при БАБХ; Централна лаборатория по ветеринарно-санитарна експертиза и екология при БАБХ; Централна лаборатория за окачествяване на зърно и фуражи – София при БАБХ.
Проф. Оля Караджова е с ресори дирекция “Растителна защита и контрол на качеството на пресни плодове и зеленчуци” при ЦУ на БАБХ; дирекция “Продукти за растителна защита, торове и контрол” при ЦУ на БАБХ; Централна лаборатория по карантина на растенията.