Световният фонд за опазване на дивата природа се грижи за опазването и възстановяването на екосистемите на река Дунав и притоците й. Прилагат се модели за съхраняване на биологичното разнообразие чрез устойчиво управление на природните ресурси.
През последните няколко години някои от заливните гори на българските дунавски острови са залесени с местни дървесни видове. Фондът популяризира влажните зони в България и работи за опазването и възстановяване им.
Друг проект на фонда се грижи за крайречните местообитания по реките Русенски Лом и Бели Лом, с което да се намали рискът от наводнения. Това е моделен проект, който прилага на практика принципа „повече място за реките, по-голяма сигурност за хората”.
Също така в процес на възстановяване по инициатива на фонда е и блатото Кайкуша в природен парк “Персина”, близо до Свищов. Проектът включва подобряване на водния режим на блатото и демонстрационно внедряване на отоплителна инсталация с биомаса и слънчева енергия в сградата на природния парк. Целта е да се намалят консумацията на електричество и парниковите газове, както и да се изработят икономически механизми за възстановяване на влажните зони и устойчивото ползване на тръстиката като локален енергиен източник.
Световният фонд за опазване на дивата природа работи за разширяване на границите на природен парк “Русенски Лом” и за създаване на нова защитена територия при устието на река Янтра. Опазват се застрашени видове птици по река Дунав като малкия корморан и белооката потапница, както и на дунавските риби.
Не на последно място е и инициативата за търсене на решения за природосъобразно корабоплаване по река Дунав.
